Halikarnassos'ta (Bodrum'un eski adı) M.Ö. 484 yılında doğan ve "Tarihin Babası" olarak bilinen HEREDOT'a göre Bodrum Dor'lar tarafından kurulmuştur. Daha sonra Karya ve Leleg'ler bu bölgeye yerleşmişlerdir. M.Ö. 650 yılında Megeralılar gelerek şehri genişletmişler adını da Halikarnassos olarak değiştirmişlerdir. Bodrum M.Ö. 386 yılında Persler'in egemenliğine girmiştir. Halikarnassos en parlak devrini M.Ö. 353 yılında Karya bölgesinin başkenti olunca

yaşamıştır. Dünyanın yedi harikasından biri olan Mausoleum bu dönemde Kral Mausolos'un anısına kızkardeşi ve aynı zamanda karısı olan Artemisia tarafından yaptırılmıştır.

M.Ö. 5. Yüzyılda Pers Satrabi Mavsolos Halikarnassos'u Karya Bölgesi baskenti yapmış ve halkı üç büyük kentte oturmaya mecbur etmiştir. Bu şehirler Halikarnassos, Myndos ve Theangela'dır. Mausolos'un 353 yılında ölümünden sonra yerine karısı ve kız kardeşi Artemisia geçmiş ve kocası adına Dünyanın Yedi Harikası'ndan biri sayılan mezar anıtını tamamlamıştır. Artemisia'nin 351 yılındaki ölümünden sonra da kardeşi Idrieus, onun da ölümünden sonra başa M.Ö.334 yılında kız kardeşi ve karısı Ada geçmiştir. En küçük kardeşi Piksadaros'un Ada'yı Alinda'ya sürmesinden sonra satrap oldugu bilinmektedir. Büyük Iskender 334'te şehri ele geçirdikten sonra Ada'yı şehri yönetmek üzere geri çağırmıştır. Bu çağdan sonra şehir M.Ö. 129'a kadar bağımsız kalmış daha sonra da Roma'nin Asia Eyaleti'ne bağlı küçük bir şehir olarak varlığını sürdürmüştür.

Bodrum M.Ö. 192 Romalıların eline geçmiş ancak bu dönemde önemli bir gelişme göstermemiştir. M.S. 395 yılında Bizaslıların, M.S. XI yüzyılda Türklerin eline geçmiştir. I. Haçlı savaşlarında Bizanslıların, XIV. yüzyılda tekrar Türklerin eline geçmiştir. 1415 yılında Rodos Şövalyelerinin eline geçmiştir. 1522 yılında Kanuni Sultan Süleyman döneminde tekrar Osmanlı İmparatorluğuna katılmıştır.

Bodrum Kalesi: Bodrum Kalesi Rodos (St.Jean) Şövalyeleri tarafından 1402 yılında yapılmaya başlanmış ve 1522 yılına kadar yapımı sürmüştür. (Kalenin inşasının başlangıç ve bitiriliş tarihleri konusunda değişik tarihler öne sürülmektedir.) Kalenin; isimleri İngiliz, Fransız, Alman, İtalyan ve İspanyol kulesi olan 5 ana kulesi vardır. İngiliz Kulesi, Aslanlı Kule olarak; İspanyol Kulesi, Yılanlı Kule olarak da bilinir. Kale 1770 yılında Rus donanmasının saldırısına uğramıştır.

Padişah II. Abdülhamit zamanında bir hapishane olarak kullanılmıştır. En ünlü kalebent, Halikarnas Balıkçısı olarak tanınan Cevat Şakir Kabaağaçlı'dır. Kale 1915 Fransız bombardımanından sonra terk edilmiştir.

1964 yılında Bodrum Kalesi, Müze Müdürlüğü olmuş, 1979 yılından beri Sualtı Arkeoloji Müzesi olarak adlandırılmıştır. Camiye çevrilen Şapel içerisinde M.S. 626 yılında batan Doğu Roma (Bizans) Gemisinin eserleri sergilenmektedir. 1958 yılında sünger avcısı kaptan Kemal Aras tarfından bulunan geminin kıç bölümü Bodrum Sualtı Arkeoloji Müzesi ve INA uzmanlarının çalışmalarıyla 1/1 ölçeğinde yapılmıştır.

Serçe Limanı Cam Batığı Salonunda, 1025 yılında batan teknenin kendisi sergilenir. Bu tekneden 3 ton kırık ve sağlam cam çıkarılmıştır. Dünyanın en büyük İslam cam kolleksiyonu burada sergilenmektedir.

Fransız kulesinin hemen yanındaki Baltalı kulede Büyük İskender'in manevi annesi , Satrap Mavzolos'un kızkardeşi olan Karya'yı M.Ö. 344 - 341 yıllarında yöneten Karya Kraliçesi Ada'nın mezar buluntuları sergilenmektedir. Kraliçe Ada'nın kafası İngiltere'de Manchester Üniversitesi, Tıpta Sanat bölümünde etlendirilmiştir. Kraliçe Ada'nın mankeni bir niş'de ayakta durur vaziyette sergilenmektedir.

Buradaki müzenin asıl amacı, bir çoğu binlerce yıl öncesinden kalan, çok değişik türlerdeki denizaltı bulgularını günümüzdeki ziyaretçilere sergilemektir. Müzede sergilenenlerin yüzde doksanı denizden çıkarılmıştır (gerisi ise Bodrum ve civarında bulunanlardır) ve bunlar Kale'nin içindeki sayısız galerilere ve değişik atmosferdeki salonlara dağılmıştır. Örneğin, bugün Özel Kilise'deki Bronz Çağ Salonu'nda M.Ö. 2500'ler civarındaki bulgular sergilenmektedir. İtalyan Kulesi'nin ilk katında, yüzyıllar öncesime uzanan dönemlerden kalma sikke ve takılar bulunmaktadı. (Ayrıca iki sanat galerisinde de modern Türk sanatçılarının yapıtları serğilenmektedir. Kuzey taraftaki hendek ise Bodrum Festivali sırasında tiyatro olarak kullanılmaktadır). Kale'de yeni açılan bir bölümde de, tarihin, nasıl Bodrum yaşamının bir parçası olduğu gösterilmektedir. Yeni bulguları yaşama döndürmek üzere yapılan kazılarda, M.Ö. 360-325 yılları arasında yaşamış Karya'lı bir prensesin kalıntılarının tesbit edildiği bir mezar bulunmuştur. Çok önemli olan bu bulguda, iskelet kalıntıları üzerine, altın aplike edilmiş bir giysi, düzeltilerek konmuş ve altın taç, bilezikler, yüzükler ve kolye ile tamamlanmıştı. Kalıntıların iyi korunmuş halde olmaları, bir İngiliz uzmanlar grubunun, bu eski çağlardan kalma asil kadın kafatasını ve yüz hatlarını yeniden yapılandırmalarına fırsat verdi. Bodrum Kalesi, bu önemli buluntunun onuruna, Karya'lı Prenses'in bedeninin ve takılarının gösterildiği özel bir salon açtı.

Mausoleum: Dünyanın yedi harikasından biri olarak kabul edilen Mausoleum'un yapımına Karya Satrabı Mavsolos zamanında (tahmini M.Ö.355) başlanmış ölümünden sonra kızkardeşi, aynı zamanda karısı olan Artemissia yapımına devam etmiştir.

Bu eser İon düzeninde 36 sütünun süslediği orijinali 46 metre yüksekliğinde olan ve tepesinde bir zafer arabası bulunan 21 basamaklı bir piramidin taçlandırdığı dev bir anıt mezardır.

M.S. 13 yüzyıla kadar korunan antik mezar önce bir depremle yıkılmış daha sonrada taşları Bodrum Kalesinin yapımında kullanılmıştır. Ayrıca bu mezara ait birçok kabartma ve heykeller 1856 yılında İngiliz Arkeolog C. Newton tarafından British Museum'a götürülmüştür. Bu yüzden bu anıta ait eserlerin çoğu British Museum'da, ancak çok az bir kısmı Bodrum'da sergilenmektedir.

Antik Tiyatro: Göktepe'de, Bodrum-Turgutreis yolu üzerinde yer alan Antik Tiyatro, Halikarnassos'tan günümüze kalan en önemli yapılardan biridir. Tiyatro, Helenistik üslupta inşa edilmiştir ancak, bilim adamlarına göre çok daha önceleri, M.Ö. IV. Yüzyılda yapılmıştır. Antik çağ geleneklerine uygun biçimde üç ana bölümden oluşmaktadır; Skene (sahne binası), Orkestra (yarım yuvarlak) ve Kavea (oturma kademeleri).

Skene: Tiyatronun güney kısmında yer alır. At nalı biçimindeki oturma bölümünün açık kısmını kapatacak biçimde inşa edilmiştir. Dikdörtgen bir yapıdır. İki katlı bir yapı olduğu ve orkestraya bakan kısmında bir sahne önü podyumu olduğu izlenebilmektedir. Bu bölümün arka tarafındaki duvar üzerinde oynanacak oyuna göre değişen portatif dekor levhalarının asıldığı oyuklar görülebilmektedir. Sahne yapısındaki kapılar oyunda yer alan oyuncuların ve protokolün kullandığı kapılardır. Sahne binasi ile oturma bölümü arasında yer alan paradokslar yani girişler izleyicilerin giriş ve çıkışlarına ayrılmıştır. Tiyatro kazı ve onarımının tamamlanabilmesi için Bosav Vakfı'na tahsis edilmiştir.

Orkestra: Tiyatronun ortasında yer almaktadır ve oturma sıraları bölümüne uygun olarak yarım daireden daha büyük bir biçimde yapılmıştır. Antik çağda oynanan oyunları söylediği şarkılarla ve bir çeşit kareografi ile destekleyen koro orkestrada yer almaktaydi. Ortada oturma siralarinin hemen önünde yer alan sunak, Anadolu da ortaya çıkmış bir tanrı olan Dionysos'a yapılan sunular için konulmuştur. Roma çağının sonlarına doğru bu tip tiyatrolarda gladyatör dövüşleri ve vahşi hayvan dövüşleri yapılmıştır. Burada da seyircileri dövüşçülerden ayıran korkuluk levha kalıntılarını görmek olasıdır.

Kavea: Oturma kademeleri ana kayaya at nalı şeklinde oyularak biçimlendirilmiş ve üzeri mermerle kaplanmıştır. Oturma sıraları ortadan yatay olarak geçen bir yolla enine ikiye ayrılmıştır. Alt bölüm sağlam bir biçimde günümüze kadar gelmiştir. Üst bölüm ise doğa ve insanların yaptığı tahribat nedeniyle harap bir durumdadır. Oturma sıraları ayrıca dikine 11 merdivenle 12 bölüme ayrılmaktadır. Bu yatay ve dikey geçişler tiyatronun dolup boşalmasında kolaylıklar sağlamak üzere yapılmıştır. Eldeki verilere göre alt bölümde 30, üst bölümde 25 olmak üzere toplam 55 sıra bulunmaktadır. Bu özelliği nedeniyle tiyatronun 12000-13000 kişi kapasiteli olduğu düşünülebilir. Oturma bölümünün yarım daireden büyük olması erken çağlara tarihlendirilebilen bir yapı olmasını desteklemektedir.

Mindos Kapısı: Şehir Pers egemenliği altında iken, M.Ö. 334 yılında, Küçük Asya seferine çıkan Makedonya Kralı Büyük İskender tarafından ele geçirildi. Halikarnassos'luların güçlü direnişlerine rağmen Makedon ordusu şehri yerle bir etmişti. Satrap Mausolos'un anıt mezarından başka her şey yakılıp yıkılmıştı. Artık Halikarnassos, Büyük İskender tarafından görevlendirilen yeni Kraliçesi Ada'nın hükümdarlığında tarihinde yeni bir sayfa açıyordu.

Yörede bilinen adıyla Dikduru, antik Myndos şehri (Gümüşlük) yönünde bulunduğundan Myndos Kapısı adı ile bilinir. Myndos kapısının kulelerinden biri, hemen hemen orijinal haliyle (7x8.5m) günümüze dek gelebilmiştir. Burada yer alan ve mozaik zeminlerinin üzerinde kuş, asma yaprakları ve asma filizleri gibi figürler taşıyan 19 adet Tonozlu mezarlardan bazıları restore edilebilmiştir. Sur önünde bulunan, 7 metreden 22 metreye kadar genişleyen ve 2 metre derinliğe sahip bir hendek bulunur.

2334 yıllık bir maceranın en derin izlerini hala üzerinde barındıran Myndos Kapısı ve çevresi mutlaka görülmesi gereken yerlerden biridir.